Die erstarkten Grünen übernehmen im Landtag erstmals die Leitung des für die Sicherheitspolitik und Kommunen zuständigen Innenausschusses. Damit musste die CSU nach ihren Verlusten bei der Landtagswahl im Oktober eine jahrzehntelange Domäne abgeben. Die CSU leitet nun noch sechs Landtagsausschüsse, in der vergangenen Wahlperiode waren es noch acht. Geblieben ist der CSU jedoch der Vorsitz des Haushaltsausschusses. Das für die Finanzen zuständige Gremium ist der größte und bedeutendste der 14 Ausschüsse.
Die neu in den Landtag eingezogene AfD bekam den Vorsitz des Bildungsausschusses, wie das Landtagsamt am Dienstag nach dem Gespräch der Fraktionsspitzen mitteilte. Die Partei beschwerte sich in der Plenardebatte schon vorher über «Ausgrenzung», doch die anderen Fraktionen unternahmen keinen Versuch, der AfD einen Ausschussvorsitz vorzuenthalten. Der Landeschef des Bayerischen Realschullehrerverbands (brlv) sagte laut Mitteilung: «Dass eine Partei, die in anderen Bundesländern dazu aufruft, Meldeportale gegen Lehrkräfte einzurichten, nun den Vorsitz im Bildungsausschuss des Bayerischen Landtags übernehmen wird, sehe ich mit großer Sorge. Der Bayerische Realschullehrerverband wird nun intensiv darauf achten, die Lehrkräfte vor diesen Tendenzen zu schützen.»
Welche Fraktion in welcher Reihenfolge einen Ausschuss übernehmen kann, richtet sich nach dem Wahlergebnis und ist in der Geschäftsordnung des Landtags festgelegt. In den anderen Fraktionen war befürchtet worden, dass die AfD Anspruch auf den Verfassungsausschuss anmelden würde. Das hätten viele Abgeordnete als eigenartig empfunden, da mehrere als rechtslastig geltende AfD-Abgeordnete vom Verfassungsschutz beobachtet werden. Die CSU wählte jedoch als zweiten ihr zustehenden Ausschuss Recht und Verfassung, außerdem Wirtschaft, Wissenschaft, öffentlicher Dienst und Gesundheit.
Die Grünen als zweitstärkste Kraft übernahmen neben dem Innenausschuss den Umwelt- und den Petitionsausschuss. Die Freien Wähler leiten zwei Ausschüsse: Landwirtschaft und Europa. SPD und FDP übernehmen jeweils einen Themenbereich: Die Sozialdemokraten haben den Vorsitz im Sozialausschuss, die Liberalen leiten den neuen Ausschuss für Wohnen und Bauen.
CSU-intern war es bei der personellen Aufteilung der Zuständigkeiten am Montagabend zu Spannungen gekommen: Bei der Wahl der Arbeitskreis-Leiter in einer Fraktionssitzung verloren gleich drei Bewerber aus Oberbayern, darunter zwei Frauen, gegen andere Kandidaten: Ulrike Scharf, Ute Eiling-Hütig und Klaus Stöttner. Die oberbayerische CSU-Bezirkschefin, Landtagspräsidentin Ilse Aigner, beantragte nach Angaben aus Teilnehmerkreisen zwischendurch aus Ärger und für interne Beratungen eine Unterbrechung der Fraktionssitzung.
Am Ende konnten weder Aigner noch Fraktionschef Thomas Kreuzer verhindern, dass nur ein einziger von 14 Arbeitskreis-Vorsitzenden-Posten an eine Frau ging. Und dabei hatte Ministerpräsident Markus Söder noch am Montag angekündigt, diese jünger und weiblicher machen zu wollen.
dpa